为了谋利，预装软件一直都是Android手机行业的潜规则，除了国产小众品牌之外，一些著名品牌也多少存在着软件预装行为。这些预装软件，最好的情况是占用用户为数不多的存储空间，而且无法彻底删除，最坏的情况则可能导致用户短信、电话等隐私泄露，产生高额流量费用，甚至被订阅一些收费服务。
MIUI从发布以来，一直把用户体验放在首位，把应用软件的选择权交给用户，让用户来选自己最喜欢的软件。小米手机出厂时自带了QQ、微博等用户常用的精品软件，而且这些软件是可以随时删除，除此以外，MIUI始终坚持最纯净的Android ROM，不含任何对用户有危害的隐藏进程和应用软件，同时对防御和查杀病毒木马、网络流量控制和提醒、电话短信骚扰拦截、省电优化等方面做了全面的布防，可全面保障用户的隐私和安全。
MIUI一贯注重保护用户的安全和隐私，联手专业的安全厂商，开发了安全中心应用。
通过安全中心，可以实时监控手机的流量情况，并根据用户的套餐不同进行自由制订，在流量即时用完时提醒用户，防止产生高额流量费用，还可以全面控制各软件的联网情况，可以阻止任何应用联网。
此外，安全中心还具备骚扰拦截功能，对于广告、诈骗、中介等打扰用户的电话和短信进行拦截和提醒，智能过滤垃圾短信，还给用户一个清静安全的使用环境。
数款知名应用曾在不久前遭到一款名为“暗箭刺客”的病毒“暗杀”，只要锁屏就会被删除，MIUI是最早发现并成功查杀此病毒的Android ROM，这个功能就依赖于安全中心的病毒扫描功能。该功能可以在软件安装前就发现问题，提醒用户不要安装并清除，以保证手机的安全。此外，它还可以扫描手机上已经安装的应用，并清除含有恶意行为的软件。
无独有偶，MIUI的系统组件之一，小米应用商店也曾遭360手机助手“暗杀”。去年9月27日，小米发布声明，因360手机助手强行诱导用户卸载小米应用商店等产品，小米应用商店决定下架所有360产品。随后，联想也宣布在应用商店全线下架所有360产品，酷派、华为等多家主流厂商企业跟进。同时，百度与搜狗分别起诉360不正当竞争，受多种事情的影响，360的股价暴跌了4.77%。
MIUI中的“小米应用商店”并非是预装软件，而是一个与MIUI系统紧密结合的系统组件，在于让用户更加快捷方便、安全高效地下载软件，并采用增量升级等技术减少用户的流量消耗，真正地给用户带来实惠。比如，一款软件的大小为20MB，更新后的体积可能会增长到30MB，通过小米应用商店下载时只需要消耗7、8MB即可完成更新。
预装软件的手机，如果不获取“Root”权限，是无法根除这些既占空间，又可能给用户带来隐私和安全行为的软件，但是“Root”之后则会产生一些新的安全问题。因此，MIUI安全中心还具有“Root”权限管理功能，用户可以在这里控制每一个软件的权限，在必要的时候还可以禁止这些软件自动启动，最大限度保证用户的手机控制权。
在保障用户安全和隐私的同时，MIUI安全中心还为用户提供了“垃圾清理”和“省电优化”两大利器，可以帮助用户清除应用软件产生的缓存和无用文件，释放用户的手机空间，同时根据使用场景，智能关掉移动网络、WiFi等耗电功能，最大程度提高手机的电量续航。
