1967年，恩格尔巴特申请了一项专利，并于1970年获批，专利名为计算机鼠标，编号为3,541,541。该专利由他与该团队首席工程师比尔·英格利什（Bill English）共同研发，是一个木质外壳下面有两个金属轮子，专利文件称这是一个“显示屏系统上X-Y座标位置的指示工具”。恩格尔巴特后来为它取名为“鼠标”，原因是它就像只老鼠一样拖着长长的尾巴。
恩格尔巴特从来没有通过鼠标发明获得过任何版权收益。在后来接受采访时，他表示，“SRI拥有鼠标专利，但他们不知道这其中的价值。多年后才知道，他们将这项专利以大约4万美元的价格授权给了苹果公司。”
1976年之后，恩格尔巴特的事业陷入相对的低谷。多位研究员离开，转投Xerox PARC，部分原因在于沮丧，部分原因在于对计算未来持不同观点。恩格尔巴特认为，未来应当是协作、连网、客户服务器的计算机，而年轻的程序员拒绝支持个人计算机的发展。双方在技术和社会观点方面都有冲突：年轻程序员所处的时代，中心权力被高度质疑，而个人计算才刚刚冒出头。
1969年，美国国会通过了曼斯菲尔德修正案（Mansfield Amendment），要求国防部仅对那些“直接与具体军队职能或运作有明显关系”的项目提供支持。在这种形势下，ARPA和NASA全都减少了对ARC实验室的资助。SRI管理层也不再支持恩格尔巴特的发展路线，将ARC部分职责转交给了人工智能研究员贝尔特拉姆·拉菲尔（Bertram Raphael）。
荣誉
上世纪80年代后期开始，杰出人士和组织开始认识到恩格尔巴特的贡献重要性。1995年12月，在波士顿召开的第四届WWW大会上，他成为首位获得后来被称为“Yuri Rubinsky纪念奖”的人士。1997年他被授予麻省理工学院勒梅尔森奖（Lemelson-MIT Prize）并获得了50万美元奖金，这是当时世界上针对单笔发明和创新的最大奖励。同年他还获得了图灵奖。
为了纪念恩格尔巴特1968年“创新之母”展示活动，斯坦福大学硅谷档案室（Stanford Silicon Valley Archives）和未来学会（Institute for the Future）于1998年举办了“恩格尔巴特未完的革命”座谈会，该座谈会在斯坦福大学纪念大礼堂举行，以示对恩格尔巴特及其理念的尊重。
2000年12月，时任美国总统比尔·克林顿授权恩格尔巴特“美国国家科技奖章”，这是美国最高科技奖。2001年，他被授予英国计算机协会颁发的Lovelace奖章。2005年，他成为“计算机历史博物馆”研究员，入选原因是他“推动了人机互动，发明了鼠标输入设备，并且通过计算机提高了组织机构的效率”。
2008年12月9日，恩格尔巴特出席了“创新之母”40周年纪念活动，活动由SRI举办，在斯坦福大学纪念大礼堂举行。活动上的发言者包括恩格尔巴特ARC团队多位创始成员，政府资助者，以及互动计算领域的其他先驱。此外，他的女儿克里斯蒂娜·恩格尔巴特（Christina Engelbart）也作了发言，介绍了父亲早期影响和当前的工作。
2009年6月，美国新媒体联盟（NMC）将恩格尔巴特吸纳为成员，作为对他终身成就的认可。2011年，他又入选了美国电气及电子工程师学会（IEEE）旗下的《IEEE智能系统》评出的“人工智能名人堂”。2011年5月，恩格尔巴特获得了耶鲁大学的名誉博士，这也是该校首位工程与技术博士。
