公鸡打鸣在大多数人看来是在正常不过的事情，在很多文化中，公鸡打鸣都和清晨的到来联系在一起。这似乎暗示着公鸡能够知道时间。而《半夜鸡叫》中的“周扒皮”为了长工们能多干些活，半夜三更起来学鸡叫让长工劳动，又暗示着公鸡打鸣是可以通过外界刺激激发的。但长期以来，人们却并不清楚为什么公鸡会打鸣。

实验证明，公鸡打鸣是由内在的生物钟控制的，但外在的光线和声音刺激也会诱发公鸡打鸣，但外在刺激对公鸡打鸣的影响也受公鸡内在生物钟的控制。

改变了光照和黑暗的周期时，公鸡表现出了如同人们跨大时区飞行后的时差现象。这是由于鸡的生物钟，就如同人的生物钟一样，受到夜晚(黑暗中)时分泌的褪黑素影响。同时，公鸡打鸣和鸡的雄激素也有关，阉鸡和母鸡不会打鸣正是由于它们没有雄激素，如果给母鸡注射雄激素，母鸡也会开始打鸣。

科学家对公鸡所处的封闭房间的光照进行了控制：光照12小时，然后关灯12小时，重复两周。结果发现，在规律的光照下，公鸡会在光照来临前两小时左右开始打鸣。

科学家还有一个有趣的发现：地位优势明显的鸡叫得比其他鸡更早一些，地位最高的公鸡有破晓的最优先权。然后按顺序挨个打鸣，地位最低的只能在其他鸡叫完后默默垫个底。另有研究也证实，地位越低的公鸡，打鸣的频率也越低。以上发现说明，打鸣确实是公鸡宣扬地位的一种方式。

在之后的两周，这一屋子的公鸡将进入全面的“黑暗时代”，即24小时无光照。科学家发现，在第一周“黑暗时代”里，这些公鸡似乎还能记得之前12小时规律光照实验中大概的时间，在要有光照的时候开始打鸣。

然而，随着时间的推移，公鸡似乎慢慢出现了偏差，对于它们来说，原本周期是24小时一次破晓打鸣的，全黑后变成了23.8小时一次，相差了0.2小时，也就是说，在黑暗环境下，公鸡对时间的感知出现了问题。这种打鸣的规律性逐渐被打破了，它们不再相对固定地打鸣，这说明光照确实影响了公鸡打鸣。

在黑暗条件下，科学家试图通过随机时间的光照和播放公鸡的啼叫来欺骗它们。结果发现，虽然这些刺激确实会引起一些鸣叫，但如果这种刺激是在之前光照开启的时间前后，那么它们打鸣会比其他时间点更频繁。

因此，科学家得出结论：公鸡打鸣主要是由内在的生物钟调节的，同时会受到外部环境的影响。此外，由于公鸡在一天中的其他时间不会像光照前后(黎明)那样强烈地鸣叫，研究人员认为公鸡的“内部时钟优先于外部信号”。

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