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育种4.0时代,百奥云携手火山引擎让育种变得更轻松

育种4.0时代,百奥云携手火山引擎让育种变得更轻松
2023-08-21 17:29:28 来源:中原传媒网

种业被视为现代农业的“芯片”,如今已经迈进4.0时代。生物育种叠加人工智能、大数据和信息技术的助力,让更多企业有能力参与到商业化育种中来,极大激发了种业发展活力。

育种4.0时代,比拼的是科技创新,关键是通过数字化、信息化、智能化让育种过程缩短周期、提升效率、降低风险,而这也是长沙百奥云数据科技有限公司(百奥云)的创业初衷。百奥云是一家由海外高层次人才创建的新型农业高科技创业企业,研发的产品已获得16项软件著作权、4项发明专利。百奥云立足于育种的前沿领域,携手火山引擎提供按需付费的全栈育种服务,助力客户多快好省地实施大规模智慧育种,使分析速度提升30倍、成本降低50%。

种业缺乏对口服务,数据处理急需提效

生物育种可以看作一门数据科学,把海量种质资源和品种进行分析,并从中挑选优势状基因,培育下一代,这是一个涉及大量数据处理的过程。传统的数据中心和超级计算机需要手动设置和维护,往往业务高峰期无法提供足够的算力,同时,缺乏高水的云计算运维团队也导致计算资源出现浪费、整体成本大大增加。对于百奥云而言,更高效的数据处理已经迫在眉睫。

另一方面,传统育种从业人员对海量数据进行精准解析时也面临着一系列问题,如开发规范不统一导致代码无法有效沉淀和复用,工具庞杂使得调试程序困难,执行环境数据敏感需要花费大量准备时间等等。而互联网 IaaS、PaaS 服务提供厂商所提供的工作,往往无法满足群体基因测序任务中,海量数据读写所需的系统吞吐量、IOPS和稳定等需求。种业呼唤一个了解行业需求、能针对推出相应技术方案的综合服务

基于云原生生信系统Bio-OS,打造种业专属基础设施工具

为了帮助育种业解决上述问题,火山引擎与技术支持伙伴紧密合作,推出了能够覆盖智慧育种全生命周期的生信操作系统Bio-OS。面向育种4.0时代,Bio-OS支持 GA4GH 标准,兼容 Dockstore、BioContainer、bioWDL 的公开社区资源,可快速构建分析流程开放生态;在敏捷流程方面,Bio-OS为研究提供系列化、标准化、可追溯的质量控制、合规审核和自动化流程的支持;在纵向协同创新方面,Bio-OS打通了生信基因分析全流程全记录,实现了研究的开放协作和数据共享。育种从业人员可以依靠 Bio-OS 快速构建自动化生物信息分析体系,实现对基因型大数据的采集、存储、转换和应用。

百奥云基于火山引擎 Bio-OS推出了PopGenomics、GenomicLake和AgriOS三款大规模群体基因组计算基础设施工具。其中,PopGenomics 可进行群体遗传学分析,并支持作业结果无缝连接基因组数据湖,实现群体基因组育种从数据、信息、知识到决策的完整闭环。GenomicLake是一种面向基因组数据的湖模型,而AgriOS则适用于表型数据质控、空间校正、遗传力、品种稳定和育种值等农业统计计算。

火山引擎和百奥云共同为育种客户提供了一种完全按需按量付费、数千规模的基因组高通量分析解决方案,帮助客户解决了创建 IT 团队、高成本购置计算集群等问题。其使用的国际通用基因组工作流标准,让生信工具和工作流程实现标准化和可复用;提供的加速方案大幅缩短最耗时的计算步骤,使客户能够节省宝贵的育种时间;内置计算资源优化策略,使云上育种分析能够依据客户数据,进行计算资源的即时创建、按需使用和及时释放,从而帮助客户低成本、高效率地完成计算作业。

以先进Serverless架构,实现30倍提速、50%成本降低

由于育种服务全流程采用火山引擎Serverless 技术架构 + IaC 自动化资源管理,百奥云实现了0固定成本投入,管理运维成本也降低了75%。而关键分析流程采用GPU运行,使得客户应用百奥云工具时分析速度提升了30倍,同时运行成本降低50%。

通过使用百奥云育种服务,种业客户能够从繁琐的计算集群管理中解脱出来,更加专注于生物信息学和育种数据的分析和应用,在优化计算资源利用的同时获得稳定、安全和灵活的解决方案,保障数据安全和隐私。

未来,火山引擎将与百奥云更加紧密合作,助其在种业科技赛道上持续创新产品和服务,让育种变得更轻松,实现更加可持续的农业生产。

日前,火山引擎与基因会等六家生信领域企业,共同发布《2023基因行业蓝皮书》,就产业发展、前沿方向与趋势展开深度剖析。

 

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