上述高管说中科红旗已经完成了桌面操作系统的产业化指标。让他耿耿于怀的是服务器操作系统由中科方德牵头，项目金额为1.9亿元：中科红旗在这方面明显具有优势，因为中科方德是软件所下属项目法人单位，而中科红旗则由8个股东组成，其中包括中科院软件所、赛迪等股东单位。
上述高管说，中科红旗是抱养的，中科方德是亲生的，待遇因此不同。
十四年风雨求存
上述高管说，在中科红旗14年的发展史上，对中科红旗的破产清算是各大股东之间唯一意见一致的公告。去年12月13日，软件所提醒股东各方，中科红旗拖欠职工工资，如不及时解决，将引发一系列法律问题。12月13日的中科红旗临时董事会形成决议，成立清算委员会，对中科红旗进行清算。
中科红旗于2000年6月成立，是中科院软件所全资企业科软创新与北京赛迪等8家股东联合投资设立的中外合资企业。注册资本96.2亿美元，科软创新出资39亿美元，占股40.5%，为第一大股东。
根据公司章程规定，一般事项应由出席会议董事三分之二多数同意，代表合资各方的董事对公司重大事项都有法律上的一票“否决权”，这致使公司决策效率极其低下。另外，合资方股权必须经全体合资方同意，其他合资方有一票否决权，合资方股权难以正常流转，很难引进新的投资者。
软件所在公告中称：中科红旗成立10多年来，除部分股东以通股权转让方式收益外，包括软件所/科软创新在内的所有股东都没有得到任何分红。尽管中科红旗在国内Linux操作统统领域曾有较大影响力，但公司经营一直很困难，近十年来时间需要依靠第一大股东中科院软件所额外的输血支持。
软件所曾就修改公司章程，改善法人治理结构，提高决策效率，中外合资转内资改造，股份制改造与上市，增资及对总经理授权等提出议案，但均因个别股东(董事)不断行使否决权，或者故意拖延而没有形成最终决议，无法实施。
资本市场对中科红旗估值一直呈下行趋势。2001年，中科红旗成立约1年，上海联创将股权的5.07%转让给山东九发食用菌股份有限公司时，转让金额为人民币1100万元，估值超过2亿元。2003年11月，中科红旗就酝酿引进最新一轮私募，且出售股权达30%，募集资金5000万元，即估值约为1.67亿元。
中科红旗是在中国科学院软件研究所副所长孙玉芳的主导下成立的，当时的共识是“中国必须拥有自主软件操作系统”，才能在蓬勃发展的计算机产业拥有一席之地。中科红旗成立，孙玉芳一直任公司董事长兼首席科学家。
正因为此，孙玉芳有“红旗旗手”的称号。2005年孙玉芳因病去世，公司运营管理陷入混乱，在争取产业资源方面，与大股东沟通方面也失去了有力支撑。上述高管说，孙玉芳去世，中科红旗成了“没娘的孩子”。
上述高管说，如果中科红旗一直按照孙玉芳当年规划的道路走下去，中国软件产业可能会迎来新的发展：2008年金融危机后，为了节约开支，更多公司与机构开始使用开源Linux操作系统，同时随着云计算、大数据、并行计算的发展，Linux系统被越来越多的公司认可，在此背景下，中科红旗可能赢来转机。
历时十四年，中科红旗最终被大股东遗弃，昔日梦想已被雨打风吹去。
梦断国产OS
桌面操作系统的重要性不言而喻。上述高管说，操作系统相当于高速公路，应用软件相当于跑在高速公路上的车，高速公路不修好，车就跑不起来。他说“金山WPS就是例子”，必须跟着微软的操作系统更新，如何挑战微软office？
