正是基于这种判断，孙玉芳当年力主创办中科红旗。在18号文的支持下，在国产软件采购的推动下，一度中科红旗曾经是政府采购的主力，获得了很多国企、政府订单。另外，中科红旗还获得了很多OEM订单：在保护知识产权、打击盗版的大背景下，监管机构禁止上市电脑裸奔，必须装有操作系统。为了降低成本，联想、戴尔、惠普等公司的电脑都曾预装红旗系统。
中科院指责中科红旗年营收从未过千万元，上述高管认为绝不可能。事实上，去年4月1日公司宣布解散后，公司很多员工仍然留守公司工作，除了销售，更多是为客户提供各种服务。上述高管说，在软件正版化的推动下，以及优先采购国产软件的政策，很多政府机构都采购了红旗系统，中科红旗破产清算后，这些订单怎么办将成为一个大问题。
上述高管认为软件所别有用心：原以为只要不发工资，员工就会自动离职，没想到虽有大批员工自动离职，最后仍然有员工在公司坚守。据其透露，4月份之前，公司员工数大致为130人，至目前，仍然坚守的员工有58人。在公司年景好的时候，即核高基项目正式启动的2010年，公司员工超过200人。
上述高管说，包括刘博、越晓亮、贾栋在内的历任总裁都有想法，有做一番事业的雄心，但遗憾的是做不成事情。他认为原因有三：一是股东分散，意见难以统一；二是大股东对于公司业务干涉过多；三是管理层没有话语权。据记者调查，包括刘博、赵晓亮、贾栋在内的三任总裁，均不持有公司任何股份。
上述高管说软件所管得过多，统得过死。作为一个有限责任公司，大股东不应包办公司决策，但软件所决定着中科红旗的一切，包括做哪些产品与业务。2005年孙玉芳去世后，公司开始了些软件项目，2008年之后，开始承接核高基项目，逐渐偏离“做中国人自己的操作系统，挑战微软的初衷”。
中科红旗因为“国产OS的梦想”而生，失败的原因是多方面的，首先是中科红旗是计划的产物，而不是市场的产物，政府采购的订单也是政府意志的结果，至于联想、戴尔等预装红旗Linux系统，不过满足市场对低价的需求：用户买了预计红旗Linux系统的电脑，回家卸掉，装上盗版的Windows。
第二个原因则是全球化浪潮下，IT产业是全球分工的产业，一个国家，一个公司都应该在最强的环节发力，联想的成功就证明了这一点，关起门来发展已经不可能。
第三个原因则是中国知识产权环境，所谓“前有盗版，后有微软”，前有盗版更是致命原因，在软件时代，中国没有产生一家成功的企业，用友、金碟是在高度定制化开发的企业领域的成功。
